生物信息学的特点是入门很快,但中间的积累过程漫长
原标题:五战蛋白质结构预测风向标CASP,南开大学郑伟:竞争性与难度提升,关注实际生物问题
文章来源:HyperAI超神经
内容字数:10674字
南开大学郑伟教授:解读CASP赛事与AI for Science发展趋势
本文总结了南开大学郑伟教授在蛋白质结构预测领域,特别是关于CASP国际大赛的经验和对AI for Science发展趋势的解读。文章基于HyperAI超神经对郑伟教授的深度访谈,内容涵盖了其参赛历程、对AlphaFold系列算法的评价,以及对CASP赛事发展趋势和AI for Science人才培养的思考。
CASP赛事参与及AlphaFold的冲击
郑伟教授先后五次参加CASP竞赛,从最初的结构优化到后来的结构预测,见证了AlphaFold的崛起。他回忆道,AlphaFold 2的出现远超预期,其成功在于整合了学术界成果并投入大量资源进行模型训练。CASP15被认为是“后AlphaFold 2时代”的开端,参赛队伍数量大幅增加,竞争更加激烈。
CASP16:难度升级与团队策略
CASP16的竞争更加激烈,参赛队伍数量创历史新高,题目设置也更贴近实际生物学问题,难度有所提升。郑伟教授团队在多个赛道中取得优异成绩,值得注意的是,他们选择“坚守本源”,没有使用AlphaFold 3,最终在多个赛道中取得了领先地位,展现了团队实力和自信。
CASP赛事反映的行业趋势
郑伟教授指出,CASP赛题的设计并非随意决定,而是反映了计算结构生物学领域的热点问题和亟待解决的挑战。近年来,CASP赛事的难度不断提升,题目类型更加广泛,这与蛋白质结构预测精度提升以及行业需求更加清晰有关。CASP赛事推动了蛋白质结构预测领域从单体结构预测向蛋白质复合物、蛋白质变构等更复杂问题的研究转变。
AI for Science人才培养与发展
郑伟教授分享了AI for Science领域人才的成长路径,强调“厚积薄发”的重要性。他认为生物信息学入门容易,但需要长期积累。AI for Science需要跨学科背景,既要理解研究领域的痛点,也要掌握AI技术。他提倡“干湿结合”,即AI研究人员与生物学家合作,互相提供信息,才能更好地解决实际问题。
团队合作与未来展望
郑伟教授团队在CASP16中采用分散式策略,参与多个赛道,体现了团队合作精神。他强调需要更多赛道和方向,让团队成员结合兴趣点进行合作,才能促进领域发展。未来,他们将继续在生物信息学领域深耕,期待取得更大突破。
联系作者
文章来源:HyperAI超神经
作者微信:
作者简介:解构技术先进性与普适性,报道更前沿的 AIforScience 案例